Dito isinasaad ang paghahanda ni Kapitan Tiago ng isang salusalo para sa pagdating ni Crisostomo Ibarra galing Europa. Inimbitahan niya ang mga opisyal at mga prayle upang magsipagdalo sa handaan. Mababasa dito ang pag uusap ni Padre Damaso at nang nakapaisano tungkol sa pagpunta nito sa Pilipinas at sa hinanakit niya sa mga tao at sa heneral dahil sa paglipat sa kanya sa ibang lugar.
Kabanata 2: Si Crisostomo Ibarra
Dito ipinakilala ni Crisostomo Ibarra ang kanyang sarili sa mga bisita. Sa kanyang pagpapakilala, siya ay anak ng nasirang Don Rafael Ibarra na nagmula sa Europa upang mag aral.
Kabanata 3: Ang Hapunan
Mababasa dito ang pag aagawan ni Padre Damaso at Padre Sibyla sa kabisera. Ang pagkainis ni Padre Damaso dahil ang napunta sa kanya ay pakpak at leeg ng manok habang si Crisostomo ay puros laman. Dito ipinakita ang kagaspangan ng ugali ni Padre Damaso ng kutsyain niya si Crisostomo na hindi na dapat siya nagpunta ng Europa kung iyon lamang ang kanyang natutunan at isinaad rin niya na hindi na dapat payagan ng pamahalaan na pag aralin ang mga bata sa Europa dahil sila ay nagiging mapagmataas lamang.
Kabanata 4: Erehe at Pilibustero
Mababasa dito ang pag uusap ni Crisostomo at Tenyente Guevarra patungkol sa totoong nangyari sa kanyang ama. Kung paano ito nakulong sa bintang na siya ang dahilan kung bakit namatay ang artilyero at dito naglipana ang mga lihim na kaaway ni Don Rafael na pinagbibintangan siya ng mga bagay na hindi naman niya batid.
Kabanata 5: Isang Bituin sa Gabing Madilim
Nakaupo sa isang silya at nakamasid sa kalangitan si Crisostomo habang sinasariwa ang mga alaala niya sa kanayng ama. Sa kanyang isip ay sinisisi niya ang kanyang sarili dahil wala siyang nagawa upang tulungan ang kanyang ama kundi magpasarap ng buhay. Sinabi rin ditto na inalala rin niya si Maria Clara.
Kabanata 6: Si Kapitan Tiago
Inilarawan dito si Kapitan Tiago at Ikinuwento ang kanyang buhay na siya ay nagpa alila sa isang prayle upang turuan siya dahil hindi siya pinayagan ng kanyang ama na may ari ng isang pagawaan ng asukal. Ipinakilala rin dito ang kanyang naging asawa na si Pia Alba na taga Sanat Cruz, anim na taon na silang nagsasama ngunit hindi pa rin nagbubunga kaya sila ay namamanata sa Obando upang handugan ng anak. Pinangalanan niya itong Maria Clara mula sa Santa Clara.
Kapitan 7: Suyuan sa Asotea
Nag usap sila sa asotea at doon inalala ang kanilang mga nakaraan. Ang liham na ibinigay ni Crisostomo kay Maria Clara at ang dahon ng sambong na kanialng pinaghahawakan sa isa’t isa. Sila ay magkababata at itinakdang magpakasal sa tamang panahon.
Kabanata 8: Mga Alaala
Dito ay namasyal siya at naisip na wala pa rin itong ipinagbago kahit siya ay nawala sa mahabang panahon. Hindi pa rin umuunlad dahil sa ito ay takot lumaban sa mga nang aalipusta.
Kabanata 9 : Mga Bagay Bagay ukol sa Bayan
Dito mababasa ang pag uusap ng matandang pari at ni Padre Sibyla patungkol kay Ibarra at Maria Clara. Isinaad rin niya ang pag iinitan ni Padre Damaso at ni Crisostomo.
Kabanata 10: Ang Bayan ng San Diego
Ang kasaysayan ng San Diego ang mababasa dito,kung paano nagsimula ang mga alamat. Nagsimula ito sa isang mayamang kastila na si Don Pedro na bumili ng lupain sa San Diego at kinabukasan ay nakitang nakabigti sa puno ng Balete. Ipinakilala dito si Don Saturnino na anak ni Don Pedro at siya ang dahialn sa pagunlad ng bayan ng San Diego. Mababasa rin kung paano nagkaroon ng isnag kastilang kura ang San Diego.
Kabanata 11: Ang mga Makapangyarihan
Masasabi na si Don Rafael ang pinakamayan sa buong San Diego ngunit hindi siya ang makapangyarihan lalong hindi rin si Kapitan Tiago sapagkat sa maayos na pakikitungo ng mga tao sa kanya ay pabulong siyang sinasabihan na sacristan. Hinid rin ang kapitan sapagkat pwede siyang pagalitan ng alkalde mayor at pinaghirapan niyang bilhin sa halagang limang libong piso kasama ang maraming pakiusap. Ang mga makapangayarihan ay sina Padre Salvi at ang Aperes. Sila ay nagpapaligsahan sa taglay nilang kapangayrihan ngunit sa kabila nito ay nagpapansinan at nagkakamayan pa rin sila.
Kabanata 12: Araw ng mga Patay
Mababasa dito ang dalawang sepulturero na naghuhukay ng bagong libingan. Sinabi rin niya na mas madiri ang nagyari sa kanya dahil ipinahukay sa kanya ang 20 araw na bangkay upang ilipat sa libingan ng mga tsino ngunit hindi ito ang masaklap kundi ang pagkahulog nito dahil sa natanggal ang pako sa ataul. Makikita si Pilosopo Tasyo na hinahanap ang bungo ng kanyang asawa ngunit hindi niya ito Makita kaya ipinagtanong niya ito sa isnag sepulturero, imbis na tulungan ay inalok niyang bigyan ng ibang bungo kapalit ng pera.
Kabanata 13: Ang Unang Banta ng Sigwa
Dumating si Crisostomo kasama ang kanyang alila na matanda sa libingan ng kanyang ama. Itinanong niya kung saan ito inilibing ngunit ang sagot ng matanda ay nilagyan niya lang ng palatandaan dahil ang sabin ni Kapitan Tiago ay magpapagawa siya ng nitso. Tinamnam niya ito ng adelpa,sampaga at pensamiyento. Hinanap nila ang libingan at tinanong ang sepulturero. Ito naman ay nagsabi ng totoo na hinukay niya ang bangkay ngunit hindi niya ito inlibing sa libingan ng mga tsino sa halip at itinapon sa lawa. Nagdilim ang paningin ni Crisostomo lalo nang malaman ang kura ang may kasalanan,sinigod niya si Padre Silva at ito ay nagsabi na hindi siya ang nagpahukay kundi ang pinalitan niyang kura na si Padre Damaso.
Kabanata 14: Tasyo,Baliw o Pilosopo
Dito inilahad ang kanyang nakaraan, na siya ay dating Don at nakapag aral sa Colegio de San Jose.Dahil sa kanyang katalinuhan ay pinapili siya kung mag aasawa o magiging sacristan.Di pa amn natapos ang isnag taon ay siya ay nabalo at naullila,napabayaan niya ang mga pamana ng kanayang ina kaya siya ay nagging mahirap.. Siya ay baliw sa pananaw ng mga mahihirap at pilosopo naman sa mga mayayaman. Dito inimbitahan siya ni G. Filipo Lino na pumanhik at nagsalaysay siya tungkol sa purgatoryo.
Kabanata 15: Ang Dalawang Sakristan
Masungit ang panahon ngunit nagtatrabaho pa rin sila Crispin at Basilio. Ditto inilahad na pinagbintangan si Crispin na angnakaw ng ginto at hindi pagtutugtog ng kampana na sunod sunod kaya sinabi ng sacristan mayor na hindi sila makakauwi sa ikawalo ng gabi kundi sa ikasampu. Hinila ng sacristan mayor si Crispin sa isang silid at pinalo habang si Basilio ay tumakas ng wala na siyang marinig na ingay galing sa silid.
Kabanata 16: Si Sisa
Isinaad ang katangian ni Sisa. Siya ay maganda,mayumi at mapagmahal na assawa at ina. Kahit siya ay binubugbog ng kanyang asawa an si pedro ay hindi pa rin niya ito iniiwan at ipinagtatanggol niya ito sa harap ng mga anak dahil naniniwala siya na magbabago pa ito. Siya ay naghanda ng mmasarap ng ulam sapagakat alam niya na darating sina Crispin at Basilio ngunit kinain ito ng kanyang asawa. Dumating si Basilio na sumisigaw at kinakatok ang kanialng pinto na siya ay pagbuksan.
Kabanata 17: Si Basilio
Nalugmok si Basilio sa bisig ng kanyang ina at pinanlamigan ng katawan si Sisa. Si Basilio lang ang nakauwi wala si Crispin kaya siya ay nag alala. Ipinagtapat ni Basilio na pinagbintangan si Crispin na nagnakaw ng ginto at siya ay tumakas lamang at siya ay sinigawan na isang quien vive. Dumating ang kanayng ama at nanghina ng loob si Basilio at iwinaksi ito ni Sisa na nagbabalak na magbalik ang kanilang ama kung sial ay magpapakabait. Tinanaong ni Basilio na hindi ba mas maganda kung sila na lang tatlo hindi kasali ang kanyang ama. Nanaginip si Basilio tungkol sa kanaynag kapatid ngunit hindi niya ito ipinabatid sa kanyang ina kundi ang kanyang sinabi ay titigil na siya sa pagiging sacristan at magtatrabaho na lamang siya kay G. Crisostomo. Natuwa si Sisa ngunit may bahid ng lungkot spagkat wala ang kanyang bana sa panaginip na binanggit ni Basilio.
Kabanata 18: Mga kaluluwang Naghihirap
Natapos ang pagmimisa ni Padre Salvi ,na napansin ng lahat ay matamlay at may sakit. Dinaanan niya ang mga manong at manang ngunit hindi niya ito pinansin bagkus ay pinakitaan niya ng pagkayamot. Ito ay ikipinahiya ni Hermana Rufa.Nagsimula ng usapan si Manang Juana na ang tugtog ng plegarya lamang ay makakaligtas nang mga kaluluwa sa purgatoryo. Nagtalo rin sila kung sino ang mgabibigay ng sermon sa piyesta at ska adumating si Sisa na may dalang mga gulay. Nais niya sna makausap ang pari ngunit sinabi ng sacristan na hindi maari dahil may sakit at itinanong kung siya ang ina ng nagnakaw na bata at siya ay idenepensa ang anak. Sinabihan siya na papunta na sa kanilang bahay ang mga guwardiya sibil upang dakpin ang kanyang mga anak at siya ay nanghina.
Kabanata 19: Mga Karanasan ng isang guro
Ang isang guro at si Crisostomo ay nag uusap malapit sa isang lawa. Dito inilahad ng guro ang nangyari nang siya ay magturo na hindi niya sinusunod ang pamantayan ng mga prayle at dahil dito siya ay pinatawag at pinarusahan. Ang nais nila ay daanin sa dahas at pamamalo upang matuto ang mga kabataan. Sinunod niya ito ngunit nakita niya na kakaunti na lang ang kanyang estudyante ng siya ay muling magbalik dahil sa sakit. Tinama niya ang kanyang mga ginawa, isinalin niya ang mga kastilang likha sa wikang tagalog. Sinabi rin niya na kailangan ng mga estudyante ng isang paaralan upang hindi na makisilong sa simbahan at si Don Crisostomo naman ay nangako na pagtutuunan niya ng pansin ang pagpapagawa nito.
Kabanata 20: Ang Pulong sa Tribunal
Ang tribunal ay isang malaking bulwagan na siyang pinagtitipunan at lugar na pulungan ng mga may kapangyarihang mga tao sa bayan. Nang dumating sina Ibarra at ang guro, nagsisimula na ang pagpupulong. May dalawang pangkat na nakapaqligid sa mesa. Ito ay binuo ng dalawang lapian sa bayan. Ang conserbador ay pangkat ng mga matatanda. Ang isa naman ay pangkat ng mga liberal na binubuo ng mga kabataan. Ito ay pinamumunuan ni Don Felipo. Pinagtatalunan nila ang tungkol sa pagdaraos ng pista ng San Diego. May labing isang araw na lamang ang nalalabi at pista na. Tinuligsa ni Don Felipo ang tenyente mayor at kapitan dahil malabo pa ang mga paghahanda sa piyesta. Kung saan-saan napunta ang kanilang pulong. Nagsalita pa si Kapitan Basilyo,isang mayaman na nakalaban ni Don Rafael. Walang direksyon at walang kaunawaan ang talumpati niya. Dahil dito,isinahapag ni Don Felipo ang isang mungkahi at talaan ng mga gastos. Sumunod na nagpananukala naman ay ang kabisa na siyang puno ng mga matatanda, Nawalang saysay din ang panukala ng kabisa sapagkat ipinahayag ng kapitan na tapos na ang pasya ng kura tungkol sa pista.